Uno de los mayores problemas que se presenta actualmente en la presa San José, es la plaga del lirio, una planta acuática que contamina lagos y presas, derivado de su crecimiento, dicha planta por naturaleza se reproduce con rapidez, llegando a duplicarse en un lapso de 5 a 15 días, si bien actualmente la presa de San José no se encuentra en su capacidad total de agua, hoy en día es más notorio el lirio que el agua, pues la planta ha crecido de poco en poco durante estos meses.
Debido a esta plaga que actualmente asecha las aguas de la presa, es el mismo vital líquido que llega a la planta potabilizadora, para ser desinfectada y procesada, para posteriormente ser distribuida a algunas zonas de la capital potosina, sin embargo no es posible abastecer las colonias con dicha agua, pues el lirio ha dañado y contaminado las aguas, causando que el vital líquido se encuentre en mal estado para darle un uso adecuado.
Cabe recordar que anteriormente, el gobernador del estado, Gallardo Cardona, mencionó que en pasadas administraciones se hizo un gran gasto económico para la limpia de lirio y evitar que este siga creciendo, mismo gasto que fue en vano, el lirio continúa atacando las aguas de la presa San José, pues el INTERAPAS no se ha hecho cargo de este problema.
Por su parte, el Alcalde Capitalino, Enrique Galindo Ceballos, descartó que el lirio esté afectando al agua de la presa San José, pues menciono que aun así el agua está siendo filtrada y purificada, aclarando que efectivamente se atenderá el problema del lirio.
La presa de San José, actualmente no ha recibido la atención o la limpieza adecuada para evitar que se continúe ampliando la plaga, si bien, el INTERAPAS es el principal encargado de darle mantenimiento y estar al cuidado como del lugar y del agua, cabe destacar que la presa es uno de los lugares donde acuden las familias potosinas durante el fin de semana, siendo también un lugar atractivo.